（１）本制度（過大支払利子）と過少資本税制との適用関係
つまり、本制度と過少資本税制の双方で損金不算入額が計算される場合には、その損金不算入額が大きい方の制度が適用されることとなる。
（２）受取配当等の益金不算入制度との関係
本制度（過大支払利子）の適用により損金不算入とされる支払利子等は、受取配当等の益金不算入制度における負債の利子から控除される（措令39の13の2㉞）。
逆に超過利子額のうち損金算入される金額は、負債の利子に加算される（措令39の13の3⑧）。
（３）外国法人の恒久的施設（PE）に帰せられるべき資本に対する負債利子の損金不算入制度との適用関係
